规划确立的总体目标是：坚持以科学发展观为统领，按照构建社会主义和谐社会的要求，围绕建设现代化生态岛区的总目标，大力实施科教兴县主战略，加快三岛联动发展，努力使崇明三岛成为适应上海现代化国际大都市建设的长远需要的人与自然和谐相处、经济社会协调发展的区域之一。
　　崇明三岛前景目标定位： 崇明是上海可持续发展的重要战略空间。坚持三岛功能、产业、人口、基础设施联动，分别建设综合生态岛、海洋装备岛、生态休闲岛，依托科技创新，推行循环经济，发展生态产业，努力把崇明建成环境和谐优美、资源集约利用、经济社会协调发展的现代化生态岛区。

　　崇明三岛功能定位主要体现以下六个方面：森林花园岛、生态人居岛、休闲度假岛、绿色食品岛、海洋装备岛、科技研创岛。